Phim Fate/stay night: Heaven’s Feel I. Presage Flower xoay quanh Shiro Emiya, một pháp sư trẻ tuổi theo học tại Học viện Homurahara ở Thành phố Fuyuki. Một ngày, sau khi dọn dẹp Phòng tập bắn cung tại trường, anh bắt gặp một cuộc đối đầu giữa những sinh linh siêu nhiên và bị cuốn vào Cuộc Chiến Chén Thánh, một nghi thức nơi các pháp sư gọi là Masters chiến đấu với nhau, sử dụng những Servants để giành chiến thắng và chiếm được Chén Thánh. Shiro tham gia cuộc chiến với mục đích ngăn chặn một kẻ ác đang hướng đến Chén Thánh và để cứu rỗi những người vô tội, nhưng mọi thứ trở nên rối bời khi một “Bóng tối” bí ẩn xuất hiện, tàn sát người dân Fuyuki một cách không phân biệt…