Phần tiếp theo của bom tấn đình đám “G.I. Joe: The Rise of Cobra” tiếp tục câu chuyện với sự kiểm soát của tổ chức Cobra, kẻ thù không đội trời chung của đội đặc nhiệm G.I. Joe, đang lan rộng tới những người lãnh đạo của Hoa Kỳ. Họ ra lệnh loại bỏ G.I. Joe khỏi bản đồ và gài bẫy cho toàn bộ nhóm đặc vụ, đe dọa sự tồn tại của họ. Các thành viên còn sống sót của đội đặc nhiệm quyết định tìm đến sự giúp đỡ của tướng Joe Colton, người từng lãnh đạo G.I. Joe trong quá khứ. Họ cùng nhau khám phá sự thật đằng sau mọi chuyện và nỗ lực để cứu vãn tình hình đang trở nên nguy cấp đối với nước Mỹ.