Bộ phim “Biệt Đội G.I. Joe: Cuộc Chiến Mãng Xà” kể về xung đột gia đình trong dòng họ McCullen, chuyên sản xuất vũ khí, và một nhà vua. Chuyên gia vũ khí McCullen bị giam cầm và bị gắn một chiếc mặt nạ đỏ sáng vào khuôn mặt, biến nó thành một phần của bản thân ông. Trong tương lai gần của thế kỷ 21, James McCullen, một nhà sản xuất vũ khí, đã phát triển công nghệ Nano. Sau khi thành công trong nghiên cứu khả năng tiêu diệt tế bào ung thư, ông phát minh ra một loại vũ khí mới có khả năng tàn phá kinh khủng. Tập đoàn MARS đã bán bốn quả đầu đạn Namomite này cho phía NATO, vì vậy quân đội Hoa Kỳ, cụ thể là US Army, đã nhận nhiệm vụ vận chuyển chúng đến trung tâm NATO. Sĩ quan quân đội Duke được giao chỉ huy đoàn vận chuyển này đến trung tâm NATO. Khi đội của anh tiến vào một khu rừng, họ bất ngờ bị tấn công bởi một lực lượng lạ. Trong lúc gần như bị đánh bại, đội của Duke nhận sự hỗ trợ từ Biệt đội Joe. Cuộc chiến quyết liệt bùng nổ để chiếm giữ chiếc vali chứa bốn quả đầu đạn quan trọng.