Phim Rurouni Kenshin Part II: Kyoto Inferno xoay quanh nhân vật Kenshin, người đã hòa mình vào cuộc sống mới bên cạnh Kaoru và những người bạn khác. Tuy nhiên, cuộc sống bình yên này bất ngờ bị chấn động khi Kenshin nhận được một yêu cầu từ chính phủ Meiji. Makoto Shishio, một cựu sát thủ như Kenshin, đã bị phản bội, bị đốt cháy và bị bỏ rơi để chết. Tuy nhiên, anh ta sống sót và bây giờ đang ẩn mình tại Kyoto, âm mưu với những chiến binh đã tập hợp để lật đổ chính phủ mới.
Bất chấp mong muốn của Kaoru, Kenshin phải chấp nhận một lần nữa nối lại quá khứ đau buồn của mình. Anh chấp nhận hành trình đến Kyoto, nơi những âm mưu đen tối đang nảy mầm và đe dọa sự ổn định của quốc gia. Trong tâm trí Kenshin, trách nhiệm với quê hương và người dân trở nên quan trọng hơn hết, ngay cả khi điều này có thể đặt anh ta vào những tình huống nguy hiểm và đầy rủi ro.
Không chỉ là cuộc phiêu lưu mạo hiểm để ngăn chặn mối đe dọa từ Shishio, mà còn là cuộc hành trình tìm kiếm sự công bằng và giữ vững những giá trị Kenshin đã cam kết bảo vệ. Câu chuyện không chỉ là về những trận đấu gay cấn trên đấu trường, mà còn là về sự hi sinh, lòng dũng cảm và trách nhiệm cao cả mà mỗi nhân vật phải đối mặt khi đứng trước nguy cơ lớn.