Phim Pokémon the Movie: Mewtwo Strikes Back – Evolution xoay quanh việc sau khi chấp nhận lời mời từ một huấn luyện viên bí ẩn, Ash, Misty và Brock gặp gỡ Mewtwo, một Pokémon được tạo ra nhân tạo có mong muốn tham gia trận đấu. Mọi sự hứng thú và tò mò của họ nhanh chóng được thách thức khi họ bắt đầu hiểu rõ hơn về nguồn gốc và mục đích của Pokémon này.
Chính sự hỗn loạn và cuộc chiến tranh tinh thần giữa người và Pokémon được nhen nhóm, khi Mewtwo, với sức mạnh vô song của mình, tỏ ra là một đối thủ không dễ dàng. Tuy nhiên, qua hành trình của họ, Ash, Misty và Brock không chỉ phải đối mặt với những thách thức về kỹ năng huấn luyện và chiến đấu mà còn phải đối diện với những nỗi đau và niềm hi vọng riêng tư của Pokémon.
Trong bối cảnh này, sức mạnh của tình bạn và lòng tin trở thành chìa khóa quan trọng, giúp họ vượt qua mọi khó khăn. Những kỷ niệm và học thức từ cuộc phiêu lưu này không chỉ làm giàu thêm kiến thức của họ về thế giới Pokémon mà còn mở ra những khía cạnh mới về lòng nhân ái và sự đoàn kết. Phim chứa đựng thông điệp sâu sắc về tình đồng đội và trách nhiệm của con người đối với thế giới sống xung quanh, đồng thời mang đến những phút giây giải trí không ngừng và kỷ niệm đáng nhớ cho khán giả.